Pada awal berdirinya, madrasah ini bernama MTs Baitul Maal Pancasila yang beralamat di Jalan Provinsi Km.1 Desa Paal  Nanga Pinoh. Pada Tahun 2003  MTs Baitul Maal Pancasila dinegerikan menjadi MTs Negeri Nanga Pinoh, diresmikan pada Tahun 2004. Pada Tahun 2006 MTs Negeri Nanga Pinoh menempati gedung baru di Jalan Gelora Juang MTQ Km.2 Desa Kenual Kabupaten Melawi hingga sekarang. Pada saat itu  madrasah dibawah  kepemimpinan Bapak Damri, S.Pd. Kemudian pada Tahun 2018 MTs Negeri Nanga Pinoh berubah menjadi MTs Negeri 2 Melawi.

Sejak berdiri pada tahun 1989 pergantian pimpinan Madrasah sebagai berikut:

1. Periode tahun 1989-1989 dipimpin oleh Ibu Dra. Fatmawati (3 bulan).

2. Periode tahun1989-1996 dipimpin oleh Bapak Burhan AR,A.Ma

3. Periode tahun 1997-1998 dipimpin oleh Bapak M.Muctar, A.ma

4. Periode tahun 1999-2001 dipimpin oleh Bapak Drs.H.Muhammad Yamin

5. Periode tahun 2002-2003 dipimpin oleh Bapak Fadilah Urna,A.Md

6. Periode tahun 2004-2007 dipimpin oleh Bapak Damri, S.Pd

7. Periode tahun 2008-2018 dipimpin oleh Bapak H.Sugeng, S.Ag

8. Periode tahun 2019 sampai sekarang dipimpin oleh Ibu Wiwik Setyorini, S.Ag